水投中心實行總經理負責制，內設黨委辦公室、黨委組織部、紀委（監察專員辦公室）綜合室、黨委巡察工作辦公室、辦公室、規劃計劃部、建設管理部、財務部、融資管理部、企業發展部、戰略研究部、南水北調供水營銷部、審計工作部、法律事務部、**管理部和信息化工作部等16個部室。

水投中心現擁有二級全資企業2家，分別為：北京清河綜合環境治理有限公司、北京市城市排水監測總站有限公司；控股企業7家，分別為：北京京燕水務管理有限公司、北京京源水務有限公司、北京水務咨詢有限公司、北京京通水務有限公司、北京京平水務有限公司、北京興順水務有限公司、北京正澤水務有限公司；相對控股企業1家，為北京京順水資源管理有限公司；參股企業4家，分別為：中國水權交易所股份有限公司、永定河流域投資管理有限公司、北京國泰節水發展股份有限公司、北京水務基金管理有限公司；三級企業4家，分別為：北京平路源環境治理有限公司、北京洳河水處理技術有限公司、北京龍源泰和物業管理有限公司、北京龍源潤澤園林綠化有限公司。

北崎國際貿易（北京）有限公司獲得：CCS、TOPCON、SANKO、SONIC、USHIO、IIJIMA、EYE、SEN、AITEC、REVOX、UNILAM、NDK、ORIHARA、TSUBOSAKA、FUNATECH、MITUTOYO、AND、KYOWA、ONOSOKKI、TOKISANGYO、ASKER、TOA、JIKCO、TASCO、EYELA、ASONE、SIBATA、HEIDON、YAMATO、KEM、THOMAS、SAKURAI、SAKAGUCHI、YAMARI、ELMEX、IMAO、KAIJO、NS、NEWKON等多家品牌授權認證。主要客戶群體為：半導體/電子/航天/汽車/醫療/食品等行業,詳情請咨詢北崎國際市場部！